Die Zweckverbandsmitglieder, die Kreise Borken, Coesfeld, Steinfurt und Warendorf sowie die kreisfreie Stadt Münster entsenden jeweils sieben Vertreterinnen oder Vertreter des Kreistages bzw. des Rates der Stadt Münster sowie je eine*n Vertreter*in der Verwaltung in die Verbandsversammlung .

Die Verbandsversammlung wählt zudem den Verbandsvorsteher, der für die Durchführung der dem Zweckverband per Gesetz übertragenen Aufgaben und gemäß Satzung sowie der Beschlüsse der Verbandsversammlung verantwortlich ist. 

In der Verbandsversammlung des ZVM am 27. Juni 2025 wurde der Kreisdirektor des Kreises Coesfeld Dr. Linus Tepe für fünf Jahre zum Verbandsvorsteher gewählt. Er ist damit Nachfolger von Kreisbaudirektor Carsten Rehers, der dieses Amt bis zum 27.06.25 innehatte und nun erster stellvertretender Verbandvorsteher ist.

Zweiter Stellvertreter ist seit dem 01.08.2017 Robin Denstorff, Stadtbaurat in Münster. 

Seit Dezember 2020 hat Walter von Göwels das Amt des Vorsitzenden des Verbandsversammlung inne. Er löste, nach über 20 Jahren, seinen Vorgänger Franz-Josef-Buschkamp ab.

Die Verbandsversammlung hält jährlich mindestens vier Sitzungen ab. Diese Sitzungen finden, mit Ausnahme des nicht-öffentlichen Teils, öffentlich statt, auch Pressevertreter sind somit zu den Sitzungen geladen.